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LSCO:潜在空间密码子优化方法

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AI 综述

研究者提出潜在空间密码子优化(LSCO),把离散的密码子选择问题映射到预训练 mRNA 语言模型的潜在空间,从而用基于梯度的搜索来优化序列。该方法结合不确定性感知预测器的表达目标、最小自由能正则项、蛋白到密码子回译模型的自然度先验以及约束解码。 在真实湿实验抗体表达数据集上,LSCO 的预测表达优于频率基线及现代深度生成基线,并保持合适的生物物理性质。该结果来自论文报告,尚未见独立验证。

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报道时间线

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10月5日
  1. arXiv:cs.LG
    LSCO:预测器引导的潜在空间密码子优化,提升蛋白表达

    研究者提出潜在空间密码子优化(LSCO),将离散密码子选择问题映射到预训练 mRNA 语言模型的潜在空间,实现基于梯度的搜索。LSCO 结合不确定性感知预测器的表达目标、最小自由能正则项、蛋白到密码子回译模型的自然度先验以及约束解码。在真实湿实验抗体表达数据集上,LSCO 的预测表达优于频率基线及现代深度生成基线,并保持合适的生物物理性质。

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